AC4本編で描かれた企業間戦争のこと。
ネクスト、ソルディオスなどのコジマ技術使用兵器が大量に投入され、また多くの企業体が崩壊したことで深刻な環境汚染と世界混乱を招いた。
アクアビットとの癒着が度を越したGAヨーロッパを、GAアメリカが内部粛清した事件に際し、アクアビットが正式に報復宣言を打ち出したのが事の発端。
これがパックス成立後、初めての"公式な"企業間戦闘となり、潜在的な対立が一気に噴出。
各社が自社の正規軍を投入し、世界規模の戦争へと拡大した。
特にアナトリアの傭兵がBFF本社艦クイーンズランスを単独強襲し、BFFが組織壊滅したのが大きな転機と言える。
基礎軍事力の大幅低下による戦線崩壊を恐れたレイレナードグループが、温存していたオリジナルをオーメル陣営中枢への強攻作戦に投入しことで、戦況が激化する。
（作中のエミール・グスタフの独白に寄れば、このBFF崩壊後のレイレナード同時奇襲からがリンクス戦争と定義されるようだ）
これは成功すれば最小の戦力で最大の戦果を達成できる代わり、失敗すればエース中のエースであるオリジナルを失う（当然だが、機体は修理・再生産できても搭乗者であるリンクスは補充が非常に難しい）という極めてハイリスク・ハイリターンな戦法であり、国家解体戦争以降は半ば禁じ手だったものであるが、アナトリアの傭兵（＝プレイヤー）によるクイーンズランス強襲が典型的なそれであり、奇しくもこのリンクス戦争での再現に繋がってしまった。
幾度もの熾烈なネクスト同士の激突を経て、主人公とジョシュアの二大ネクスト傭兵によってレイレナード並びにアクアビット本社が壊滅したことで終息する。
最終的にGAヨーロッパ、BFF、レイレナード、アクアビットが事実上崩壊。イクバールも企業としての体制を維持こそすれ、甚大な打撃を受ける（戦後の人事刷新に合わせて社名をアルゼブラへと変更）。
勝者であるGAアメリカ、ローゼンタール、オーメル及び、アクアビット陣営でありながら早期に戦線から脱落したインテリオル・ユニオンのいずれも消耗著しく、各社は当面自社勢力の回復に迫られることとなる。
国家解体戦争時、ノーマルの比肩し得ない圧倒的な力を揮い、レイヴンを轗軻不遇の身に追いやったはずのオリジナル、ひいては企業が、最終的にはそのレイヴン等(アナトリアの傭兵及びジョシュア・オブライエン)の力に拠って頽唐の憂き目に遭うという、なんとも皮肉な結果となった。
なお、リンクス戦争を生き延びたことが確認されているリンクスは以下の通り（ナンバー順）。
- No.4 レオハルト（アーキテクトへ転身）
- No.8 王小龍（カラードランク8位）
- No.16 霞スミカ（オペレーターへ転身）
- No.17 K.K（アーキテクトへ転身）
- No.18 スティレット（カラードランク6位）
- No.22 ミセス・テレジア（カラードランク29位）
- No.32 エンリケ・アルカーノ（アーキテクトへ転身）
- No.33 真改（ORCA旅団初期メンバー。ORCAランク5位）
- No.36 ローディー（カラードランク4位）
- No.37 エイ・プール（カラードランク20位）
- No.39 アナトリアの傭兵（リンクス戦争以後の消息は不明。カラードランク9位“Unknown”と同一人物説有り）
