『ARMORED CORE VI FIRES OF RUBICON』で2周目以降ストーリー進行中に発生する特殊なミッション。
通常のミッションと同じブリーフィング内容と導入から始まるが、ミッション中に1周目とは異なる状況が発生し、登場する敵や作戦内容が変更される。
4シリーズのハードモードに近い性格を持つが、こちらはストーリーを進めている中で発生し、終盤のルート分岐にも関わる要素となっている。
クリアしたALTミッションはリトライミッションでは通常ミッションとは個別に登録されるため、個別に選択する事が可能。
ミッション中に設置された情報ログや戦闘ログは通常ミッションとは共通となるが、中にはALTミッションでしか入手出来ないログも存在する。
ALTミッションの発生にはフラグが存在し、事前に特定のミッションを選択していた場合、そのALTミッションへと派生するが、ミッション「多重ダム襲撃」のみ、2週目以降は必ずALTミッションとなる。