AC4本編で描かれた企業間戦争のこと。
ネクスト、ソルディオスなどのコジマ技術使用兵器が大量に投入され、また多くの企業体が崩壊したことで深刻な環境汚染と世界混乱を招いた。
アクアビットとの癒着が度を越したGAヨーロッパを、GAアメリカが内部粛清した事件に際し、アクアビットが正式に報復宣言を打ち出したのが事の発端。
これがパックス成立後、初めての"公式な"企業間戦闘となり、潜在的な対立が一気に噴出。
各社が自社の正規軍を投入し、世界規模の戦争へと拡大した。
・アクアビット陣営 レイレナードグループ、インテリオルグループ、BFF、GAE残党
・オーメル陣営 ローゼンタールグループ、GAグループ、イクバールグループ
特にアナトリアの傭兵がBFF本社艦クイーンズランスを単独強襲し、BFFが組織壊滅したのが大きな転機と言える。
基礎軍事力の大幅低下による戦線崩壊を恐れたレイレナードグループが、温存していたオリジナルをオーメル陣営中枢への強攻作戦に投入しことで、戦況が激化する。
（作中のエミール・グスタフの独白に寄れば、このBFF崩壊後のレイレナード同時奇襲からがリンクス戦争と定義されるようだ）
これは成功すれば最小の戦力で最大の戦果を達成できる代わり、失敗すればエース中のエースであるオリジナルを失う（当然だが、機体は修理・再生産できても搭乗者であるリンクスは補充が非常に難しい）という極めてハイリスク・ハイリターンな戦法であり、国家解体戦争以降は半ば禁じ手だったものであるが、アナトリアの傭兵（＝プレイヤー）によるクイーンズランス強襲が典型的なそれであり、奇しくもこのリンクス戦争での再現に繋がってしまった。
幾度もの熾烈なネクスト同士の激突を経て、主人公とジョシュアの二大ネクスト傭兵によってレイレナード並びにアクアビット本社が壊滅したことで終息する。
最終的にGAヨーロッパ、BFF、レイレナード、アクアビットが事実上崩壊。イクバールも企業としての体制を維持こそすれ、甚大な打撃を受ける（戦後の人事刷新に合わせて社名をアルゼブラへと変更）。
勝者であるGAアメリカ、ローゼンタール、オーメル及び、アクアビット陣営でありながら早期に戦線から脱落したインテリオル・ユニオンのいずれも消耗著しく、各社は当面自社勢力の回復に迫られることとなる。
国家解体戦争時、ノーマルの比肩し得ない圧倒的な力を揮い、レイヴンを轗軻不遇の身に追いやったはずのオリジナル、ひいては企業が、最終的にはそのレイヴン等(アナトリアの傭兵及びジョシュア・オブライエン)の力に拠って頽唐の憂き目に遭うという、なんとも皮肉な結果となった。
実態 †
表面上はGAアメリカとGAヨーロッパの内紛を発端とした企業間戦争であり、確かにそれは事実である。
しかしその背後には、それぞれのバックについていたオーメルとアクアビット及びレイレナードのコジマ技術を巡る対立があり、GAを始めとするパックス各社は、この3社の代理戦争に利用されたと見ることが出来る。
同時に、新興企業であるレイレナードには、人類を地上に縛り付けるアサルト・セルの排除、ひいては宇宙への進出という目的も存在していた。また、この目的を達するにあたり、宇宙への道を閉ざすという最大の罪を隠蔽した他企業に対する断罪は不可欠なものであった。なお、これはクローズ・プランとしてORCA旅団によって引き継がれることとなる。
生存リンクス一覧 †
主人公であるアナトリアの傭兵を除き、fAに名前が登場するリンクスのみを記載する。カッコ内はリンクス戦争当時の所属組織及びfAの時代における立場。
AC4の段階から物語に関わらなかったり、はっきりと死亡と明言されていないリンクスに関しての詳細は不明。
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